Hay ciertos aspectos del juego que no aparecen en las reglas, y no tienen una explicación "racional". Entiendo que el pagar una indemnización a la gente del cuerpo técnico, es porque si les despides, se te asigna otro técnico "de oficio". Mientras que con los jugadores no ocurre así. Si despides un jugador, te quedas sin él, y punto.
Imagino que si no hubiese que pagar indemnización, habría gente que se pasaría el día despidiendo técnicos, hasta comprobar cuál es el de nivel básico con menor sueldo que te puede ser asignado, o si es posible que te den uno con alguna habilidad, etc.
Entiendo también, que es una forma de controlar el nivel de dinero existente en el juego, y que haya dinero que "se pierda", es en realidad lo que los diseñadores del juego buscan. Demasiado dinero en el juego, podría llevar a un desbarajuste del mercado de fichajes... ;)
De todas formas, como te digo, mi teoría de por qué se paga despido al cuerpo técnico y no a los jugadores, es una simple suposición

Los italianos piensan que el mundo es tan duro que hace falta tener dos padres, por eso todos tienen un padrino. - Tom Hagen en "El Padrino".